Una trufa es una especie que se incluye dentro del llamado reino de los hongos. Dentro de este reino, podemos encontrar especies tan conocidas y a la vez tan diferentes como una levadura, un moho o una seta. Este tipo de seres no son capaces de producir la fotosíntesis, es decir, buscan su alimento de otra materia orgánica, en el caso de las trufas que se asocian a un árbol (que es otro ser vivo) se habla de hongos parásitos. Que además son pluricelulares y son de la familia de los ascomicetos. Que quiere decir esto: Los hongos están formados por un aparato reproductor o carpóforo y un aparato vegetativo o micelio. El carpóforo contiene las esporas, encargadas de la diseminación del hongo a otros lugares. Al ser la trufa un hongo hipogeo, esta diseminación ha de ser a través de la fauna silvestre: jabalí, zorros, ratones, conejos, etc.
La germinación de las esporas dará lugar al micelio y comenzará de nuevo la vida del hongo. El micelio es un conjunto de filamentos muy finos, denominados hifas, que se extienden por el perfil del suelo. Los hongos micorrícicos se asocian a las raíces de las encinas a través de las micorrizas, lugar de intercambio entre hongo y árbol.
Los árboles micorrizados obtienen una serie de ventajas de gran importancia para prosperar adecuadamente en el medio natural, como la mejora de la capacidad de absorción de nutrientes, ya que las micorrizas incrementan la superficie de contacto entre la raíz y el suelo; aumentan el sistema de defensa contra enfermedades, al aumentar su mayor vitalidad por estar mejor nutrida y por la capa de protección que constituye el manto de las micorrizas. Por último, la micorrización de especies forestales con ciertos hongos permite una adaptación de las mismas a suelos en los que por sus condiciones edáficas de extrema pobreza en nutrientes (el hongo proporciona sales minerales como el fósforo al árbol) o por el contrario, exceso de algún componente, no podrían sobrevivir.
A su vez el hongo recibe los azúcares y aminoácidos que se elaboran en las hojas del árbol y son transportados hasta las raíces donde el hongo es capaz de absorberlas. El hongo, al no tener clorofila sería incapaz de sintetizar directamente del suelo estas sustancias. Además, las micorrizas constituyen un núcleo de pervivencia del hongo y desde ellas se produce su propagación hacia los árboles próximos.